UMOssa jaetulla alttosaksofonistin vakanssilla 1995–2000 soittanut Pylkkänen on johtanut omia kokoonpanojaan 1990-luvun alusta lähtien. Näistä tuoreimpiin kuuluvat mm. Tube Factory / Putkipaja, Global Unit ja Hi-Fi Quintuplet. Yli 300 keikkaa soittanut Putkipaja on esiintynyt pääasiassa ulkomailla, mm. useissa Aasian ja Etelä-Amerikan maissa. Pylkkänen on esiintynyt myös kansainvälisten tähtien, kuten Joe Hendersonin, McCoy Tynerin ja Dave Liebmanin yhtyeiden riveissä.

Pekka Pylkkänen on työskennellyt täysipäiväisesti opetustehtävissä esim. Pop/Jazz Konservatoriossa, Metropoliassa ja Karelia AMK:ssa. Hän on toiminut myös luennoitsijana ja mestarikurssien vetäjänä jazzkouluissa lähestulkoon ympäri maailman.